Del proceso que la Inquisición llevó contra fray Luis, han trascendido hasta hoy algunas frases de los cargos que se le imputaban:
“En la ciudad de Salamanca a diez y siete días del mes de diciembre de mil e quinientos e setenta e un años, ante el muy magnífico e muy Rdo. señor maestro Francisco Sancho, comisario deste Santo Oficio… paresció siendo llamado el muy reverendo padre fray Bartolomé de Medina, maestro en santa theologia, en la Universidad de Salamanca… y entre las cosas que testificó en su dicho, dijo e declaró contra el maestro fray Luis de León lo siguiente… Item declaró que sabe anda en lengua vulgar el libro de los Cánticos de Salomón, compuesto por el muy Rdo. padre maestro fray Luis de León, porque lo ha leído este declarante. Item declaró que en esta Universidad algunos maestros, señaladamente Grajal y Martínez, y fray Luis de León, en sus paresceres y disputas quitan alguna autoridad a la edición de la Vulgata, diciendo que se puede hacer otra mejor y que tiene hartas falsedades…”
Pero, en 1576 sale libre del proceso con más vigor y energía moral que antes, si bien su salud está quebrantada, por lo que tras obtener la cátedra de Sagrada Escritura en 1580 y ser elegido provincial de su orden en Castilla muere en Madrigal de las Altas Torres.
La labor de traducción bíblica de fray Luis se centra en el Cantar de los Cantares, como ya se dijo, pero también del Libro de Job y algunos Salmos; son textos que pertenecen a los libros sapienciales, compuestos originalmente en prosa. Es éste el mejor reflejo de este hombre de Dios, un alma a la vez poética y espiritual de un enamorado de la Sagrada Escritura y de la poesía.
Gracias a su conocimiento del hebreo, fray Luis puede explorar el campo semántico de las palabras para vaciar al castellano el espíritu original de los textos antiguos. Su intención es facilitar el conocimiento de los textos sagrados con el deseo de alcanzar “el bien de los demás y la verdad pura”. La fidelidad al texto hebreo traducido la describe así el hebraísta en su prólogo del Cantar de los Cantares:
“Lo que yo hago en esto son dos cosas: la una es volver en nuestra lengua, palabra por palabra, el texto de este libro; en la segunda declaro con brevedad no cada palabra por sí, sino los pasos donde se ofrece alguna oscuridad en la letra, a fin que quede claro su sentido así en la corteza y sobrehaz, poniendo al principio el capítulo todo entero, y después de él su declaración. Acerca de lo primero procuré conformarme cuanto pude con el original hebreo, cotejando juntamente todas las traducciones griegas y latinas que de él hay, que son muchas, y pretendí que respondiese esta interpretación con el original, no sólo en las sentencias y palabras, sino aun en el concierto y aire de ellas, imitando sus figuras y maneras de hablar cuanto es posible a nuestra lengua, que, a la verdad, responde con la hebrea en muchas cosas.”
El Cantar de los Cantares, su libro La perfecta Casa, y sus poemas, tienen la pureza del español como ciencia mayor y la erudición de un hombre del que dijo Miguel de Cervantes Saavedra en la introducción de su Ingenioso Hidalgo: “ingenio que al mundo pone espanto” y también “honor de la lengua castellana”.